A Igreja Evangélica Congregacional do Brasil possui a seguinte estrutura organizacional:
Cabeça: Jesus Cristo
Órgão administrativo soberano: Assembléia Geral Ordinária. Reúne-se a cada ano no segundo final de semana do mês de Janeiro em paróquias que a convidam.
Diretoria Geral, eleita para uma gestão de três anos pelos delegados das paróquias e pastores na Assembléia Geral Ordinária. O Conselho Fiscal é eleito em cada Assembléia.
Pastor Regional, que atua como elo de ligação das regiões com a direção geral da IECB.
Diretorias dos Departamentos da IECB:
- IBISEC – Instituto Bíblico e Seminário Evangélico Congregacional
- JEC do Brasil – Juventude Evangélica Congregacional do Brasil
- OASC Nacional – Ordem Auxiliadora das Senhoras Congregacionais
Diretorias Paroquiais
Diretorias das Comunidades